Fra le novità previste dalla Legge Finanziaria 2008 c'è anche l'obbligo di utilizzare la fatturazione elettronica per tutti gli operatori che hanno relazioni con l'Amministrazione statale e gli enti pubblici.
Secondo la nuova normativa la Pa, oltre a non accettare fattura cartacee, non darà il via ai pagamenti fino a quando non arriverà una versione elettronica della fattura:

 

Articolo 1, comma 209: Al fine di semplificare il procedimento di fatturazione e registrazione delle operazioni imponibili, a decorrere dalla data di entrata in vigore del regolamento di cui al comma 213, l'emissione, la trasmissione, la conservazione e l'archiviazione delle fatture emesse nei rapporti con le amministrazioni dello Stato, anche ad ordinamento autonomo, […] deve essere effettuata esclusivamente in forma elettronica, […]

Articolo 1, comma 210: […] le amministrazioni e gli enti di cui al comma 209 non possono accettare le fatture emesse o trasmesse in forma cartacea né possono procedere ad alcun pagamento, nemmeno parziale, sino all'invio in forma elettronica.

L'obbligo della fatturazione elettronica richiesta da parte della pubblica amministrazione, di fatto impone la Conservazione Sostitutiva a Norma di Legge.
Si ricorda a tal proposito la circolare n. 45/E dell'Agenzia delle Entrate nell'art. 3.1.2. “La fattura elettronica trasmessa e ricevuta in forma elettronica deve essere conservata nella stessa forma” vale a dire in modalità sostitutiva. Si ricorda inoltre l'Art. 2 del D.L. n.52 del 20 febbraio 2004: “Le fatture elettroniche trasmesse o ricevute in forma elettronica sono archiviate nella stessa forma”.